Depuis sa création, en 1998, Protéus a bénéficié de la confiance de nombreux industriels qui ont fait appel à la société pour développer de nouveaux produits et procédés de fort potentiel commercial. Une part importante des revenus de Protéus provient notamment des secteurs de la chimie fine et de spécialités, des cosmétiques et du "personal care", des arômes et parfums, de l'environnement, de la bioénergie et de la biodéfense.
Les clients de Protéus comprennent notamment de grandes sociétés comme Evonik (Degussa), Henkel, Veolia Environnement, Thales et des acteurs multinationaux majeurs de l’industrie pharmaceutique ou de celle des arômes et parfums. Des sociétés de plus petite taille ont cependant également choisi Protéus pour accéder aux opportunités offertes par ses technologies et son savoir-faire. Cet accès est facilité, notamment grâce à la gamme de services proposés par PSI (Protéus Services pour l'Industrie).
La majeure partie de nos revenus provient de clients opérant hors de France. Certains partenariats ont évolué vers la formation d'alliances stratégiques pour découvrir et mettre sur le marché une large gamme de produits innovants en exclusivité pour des domaines industriels spécifiques.