Dès sa création, Protéus a consacré des moyens importants à la propriété intellectuelle ("PI"). Une équipe de docteurs ès sciences et de juriste, spécialisés en propriété intellectuelle, travaille à plein temps à la rédaction des brevets, au suivi des procédures, des contrats de collaboration et à la veille technologique et stratégique.
Grâce à ses propres développements technologiques et à une série d’accords de collaboration scientifiques et technologiques, Protéus a constitué un portefeuille unique et attractif d’éléments "propriétaires". Protéus renforce constamment ce portefeuille par de forts investissements en Recherche et Développement et par une politique proactive de croissance externe, d’acquisition de technologies et d’accords de licence avec des laboratoires industriels et/ou académiques. Un personnel hautement qualifié dédié à la PI est destiné à assurer en permanence la cohérence de la politique de PI avec la stratégie de développement de la Société. Protéus fait éditer des cahiers de laboratoire spécifiques numérotés et possédant un hologramme unique. Chaque rédacteur inscrit son nom, l’intitulé du projet et consigne quotidiennement les travaux de recherche réalisés en les datant et signant dans l’espace prévu.
Protéus a ainsi mis en place (i) une politique de brevets, accords et licences dont elle pense qu’elle lui garantit une protection efficace de ses éléments propriétaires, et (ii) une protection efficace de la propriété industrielle des produits et procédés issus de ses travaux ainsi que les moyens de la valoriser. Cette politique est une source importante de compétitivité et de revenus pour Protéus et pour ses partenaires scientifiques. Elle est aussi un élément important de la liberté d'exploitation pour ses partenaires industriels.