Une plate-forme automatisée d’expression fonctionnelle et de criblage des protéines est dédiée à l'exploitation des immenses ressources en protéines issues soit de la biodiversité naturelle, soit de l’évolution dirigée. Installée dans une salle blanche de classe 1.000, elle permet d'atteindre un débit de plus de 10.000 essais/jour.
Pour alimenter cette plate-forme de criblage avec des protéines fonctionnelles, Protéus dispose de nombreux systèmes d’expression des protéines, aussi bien procaryotiques qu'eucaryotiques. 
La diversité de ces systèmes est adaptée à la diversité des protéines développées par Protéus. La société dispose par ailleurs de Phenomics™, une technologie propriétaire d’expression acellulaire qui permet notamment l’expression de protéines cytotoxiques ou de protéines particulièrement difficiles à produire.
Protéus a une solide expérience dans la conception et la réalisation de tests de criblage qui reproduisent les contraintes de l’application ciblée. Protéus possède également les droits exclusifs sur la technologie de criblage CLIPS-O™, conçue et brevetée en collaboration avec l’Université de Berne (Suisse). CLIPS-O™ est spécifique, sensible et fournit un rapport signal/bruit exceptionnel.
La technologie Phenomics™ est protégée par des brevets et demandes de brevets, notamment
WO0009747, WO0034512,
WO0034514, WO0034513, WO2004015059
FR2782325, FR2786787, FR2786788,
FR2786789, EP1137801, EP1137802,
EP1137804, US6514703, US6818396,
US6911307, AU766252, AU774181,
AU779179 et AU772357.
La technologie CLIPS-O™ est protégée par des brevets et demandes de brevets, notamment WO0192563 et FR2809820