L’évolution dirigée permet d'obtenir de nouvelles protéines parfaitement adaptées à leur application, aussi bien dans le domaine industriel que dans le domaine pharmaceutique. La plateforme technologique de Protéus permet par exemple de :
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créer des super-biocatalyseurs en améliorant leur productivité et leur stabilité en conditions industrielles, en modifiant leur spécificité, en réduisant le volume d’effluents et les coûts de production, etc. ;
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améliorer la stabilité des protéines thérapeutiques au stockage, leur biodisponibilité, leur solubilité, leur demi-vie, réduire leur l’immunogénicité ou d'autres effets indésirables.
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Les biologistes de Protéus mettent au point de nouvelles protéines aux performances améliorées en utilisant un principe analogue à celui des sélectionneurs qui améliorent la qualité des animaux d’élevage ou créent de nouvelles variétés de plantes
En revanche, alors que les sélectionneurs doivent attendre des mois, voire des années, que les animaux ou les plantes soient à même de se reproduire, les technologies in vitro développés par Protéus, EvoSight™ et L-Shuffling™, permettent d'obtenir des milliers de protéines nouvelles en seulement quelques heures.
Ces technologies brevetées permettent de créer ces nouvelles protéines, soit à partir d’un seul gène parental, soit à partir d’un ensemble de gènes parentaux. Protéus est l’une des très rares sociétés au monde à bénéficier d'une liberté d'exploitation sur la plus puissante de ces technologies, le "gene shuffling". A partir d’un ou plusieurs gènes parents codant pour une ou des protéines non optimales, le "gene shuffling" permet d'obtenir très rapidement une banque de gènes de seconde génération qui est exprimée puis criblée pour en sélectionner les protéines qui présentent des performances améliorées. Ce procédé peut être répété à plusieurs reprises, les protéines "filles" issues d'un premier tour d'évolution dirigée servant à leur tour de protéines "parentales" dans le suivant, jusqu’à ce que l'une d'entre elles remplisse les conditions ciblées. Cette technologie est notamment accessible dans le cadre de la gamme des services Dream'line de PSI.